废止《突发公共卫生事件应急条例》的原因主要有两点:
2003年颁布的《突发公共卫生事件应急条例》中的大部分内容在2007年颁布的《突发事件应对法》中已经有了更详尽的规定,同时少部分内容也在2013年修订颁布的《传染病防治法》中得到了体现,且更为详尽。
《条例》第9条规定了给予参与医护人员的法定补助、津贴和奖励,而《传染病防治法》仅规定对做出显著成绩和贡献的单位和个人给予奖励,没有提到补助和津贴。
因此,为了适应经济社会和卫生计生事业的发展,维护法制统一,推进依法行政,决定废止《突发公共卫生事件应急条例》。